trmc3

(1)  Open the cif file of the target molecule. Display a single molecule. If there are more than two molecules, delete. Save as at.cif.

(2)  Download and copy trmc3.exe in the same folder as at.cif, and run by double clicking.


(3)  Open mc.xyz, and project along the c axis. The projection onto the molecular plane. (x: molecular long axis. y: short axis. z: vertical axis)

(4)  For Gaussian, copy the coordinates from mc.xyz by a text editor. For ADF, import the coordinates from mc.xyz.

(5)  If trmc2.exe does not correctly make the molecular coordinates, select the using atoms as

111100111111111111, 
or a blank line and 4 (for the first four atoms), 
or a blank line and 3 10 (for using from the third to the tenth atoms)

in trmc.dat, and run trmc3.exe. As a default, trmc3.exe uses all non-hydrogen atoms, and the atom numbering follows the output in at.dat. To remove the alkyl chains, use this function.

Even if the transformation to the molecular coordinates does not succeed, the fractional coordinates in at.dat are used as an input of pcal.dat.

trmc3使用法　日本語版
(1) trmc.zipをダウンロードして解凍する。
(2) trmc3.exeをダブルクリックして実行する。「WindowsによってPCが保護されました」のメッセージが出た場合は「詳細情報」をクリックして「実行」をクリックする。
(3) Mercuryでtrmc.xyzを開くとBTBT分子が現れる。c投影にすると分子面投影。
(4) 通常は水素以外の全原子を使って分子面を定義しますが、trmc.datのなかに
0011111101111110
と書いてあって外側ベンゼン環の12個の炭素原子を使って分子面とxyz軸を定義しています。原子の選び方を変えればxyz軸の方向は微妙に変わってきます。全原子を入れるとうまく分子面が定義できないことがあるので(この場合もat.datに出力されるfractional coordinatesはpcal.datの入力として使えます)なるべく少数の原子(最低４原子)を使って分子面を定義することをお薦めします。最初の4原子を使うなら
(ブランク1行)
4
3番目から10番目の原子を使うなら
(ブランク1行)
3 10
とtrmc.datのなかに書くこともできます。アルキル鎖はこの方法で除いてください。
(5) 他の分子の場合は、結晶のcifをMercuryで開いて１分子だけ表示し、save asでat.cifとして保存してtrmc3.exeを実行してください。
(6) trmcは同種原子を並べてきますが、原子種の順はcifのなかに出てきた順です。同種原子の中での順番も出現順です。必要があればcifまたはat.datをテキストエディターで開いて並べ替えてください。結晶学的に独立な2分子以上が存在する場合には、同種原子の中でも分子ごとにまとめておいた方が作業がやり易くなります。

February 5, 2026